Das Museum für Natur und Umwelt liegt am Rand der Altstadtinsel am Dom. Vom Hauptbahnhof/ZOB erreichen Sie das Museum mit den folgenden Buslinien: 1, 2, 6, 7, 9, 10, 15, 16. Ausstieg ist an der Haltestelle Fegefeuer.

Für die Anreise mit dem PKW befinden sich direkt vor dem Museum (Musterbahn) kostenpflichtige Parkmöglichkeiten (sonntags frei). Das "Parkhaus Mitte" in der Schmiedestraße befindet sich ca. 5 Gehminuten vom Museum entfernt. Sie gehen in Richtung Klingenberg durch die Straßen Pferdemarkt und Parade zum Mühlendamm und biegen dann links in die Musterbahn. Auch das Parkhaus "Haerder-Center" ist nah gelegen. Fahren Sie die Mühlenstraße stadteinwärts und folgen Sie den Schildern.

Vom Hauptbahnhof können Sie auch einen wunderschönen ca. 20-minütigen Fußweg vorbei am Holstentor zum Museum nehmen. Überqueren Sie die Stadttrave und gehen Sie an der Obertrave vorbei an der Musikhochschule bis zur Straße Kleiner Bauhof. Von dort führt eine kleine Treppe direkt zum Mühlendamm hoch. Angesichts der Domtürme wenden Sie sich einige Schritte nach rechts. Überqueren Sie die Straße und gehen Sie geradeaus in die Musterbahn.